如果墨西哥人工心肺機醫療器械注冊不合格，需要進行相應的處理。具體的處理方式可能因產品不合格的原因和程度而有所不同，但以下是一些常見的處理措施：

1. 退回工廠：如果產品不合格是因為生產過程中的問題，可以將產品退回工廠進行修復或重新加工。在退回產品之前，需要與COFEPRIS進行溝通，并退回產品的程序符合相關法規和規定。

2. 召回：如果產品存在安全風險或不符合墨西哥的醫療器械法規，需要進行召回。召回的程序需要按照墨西哥的相關法規進行，并需要向COFEPRIS報告。召回的具體措施可能包括通知醫療停止使用該產品、從市場上撤回該產品等。

3. 銷毀：如果產品無法修復或召回，需要進行銷毀。銷毀的程序需要符合墨西哥的相關法規和規定，并需要進行記錄和報告。

4. 通知COFEPRIS：如果發現產品不合格，需要及時通知COFEPRIS，并向其提供相關的信息和資料。COFEPRIS將對不合格產品進行調查，并根據情況進行相應的處理。

需要注意的是，處理不合格的人工心肺機醫療器械需要遵守墨西哥的相關法規和規定，處理的程序合法、安全、有效。同時，也需要與COFEPRIS保持密切聯系，及時了解處理結果并采取相應的措施。

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